时代背景：
第一次新吉恩战争（哈曼战争）结束后，0089下半年间，联邦对殖民卫 星加强了经济等方面的制裁，但此措施的实行，亦只是令宇宙住民对立情绪上涨而已，各路反联邦势力纷纷崛起。

0090年2月，联邦为收容难民建起宇宙居住区“SWEET WALLTER”。但此 时在无人知晓的情况下，一度销声匿迹，于哈曼死后掌握新吉恩指挥权的夏 亚·亚兹纳布尔已秘密潜入，藏身其中。

3月，联邦军为维持军事上的威慑力，建立外围独立精锐部队郎德·贝尔，由布莱德·诺亚大校提任司令官，队中更有以著名的王牌机师阿姆罗·利大尉为首的众多优秀战士作为成员。

0092年12月，由夏亚·亚兹纳布尔在接受电视采访时发表向联邦的宣战布告。第二次新吉恩战争（亦称阿克西斯战争或夏亚之乱）爆发。 然而，正当阿姆罗等人与新吉恩军殊死战斗时，一些联邦上层人物却盲目相信和平的可能性，加上收受贿赂，而准备前往SIDE6，与新吉恩方面进 行秘密接触。

STORY：
天真活泼的少女珂丝·巴拉亚，出生与联邦高官家族，生活条件优越但却并不幸福，从小得不到足够的父爱，与继母关系更是恶劣至极，因此造就了她叛逆的性格。 3月4日珂丝随父亲从地球前往太空，在飞船上认识了布莱德之子哈萨维·诺亚，当一行人到达SIDE6时，正遇上阿姆罗与其女友珍一起从月面取回最新的阿姆罗专用机动战士RX-93υ（NEW）高达。

υ高达由阿姆罗主 设计，能够最大限度发挥他的NEW TYPE能力加上装备了最新的NT念动制导浮 游炮，拥有与夏亚的最新座机MSN——04SAZABE相抗衡的力量。

后来，珂丝意外地见到了夏亚，并与夏亚一起由新吉恩军的强化人邱尼 驾机接走，性格叛逆的珂丝竟接受夏亚的思想而投向吉恩。这一事实令哈萨 维大受打击，他暗下决心，要说服珂丝离开敌人的阵营。由此同时联邦与新 吉恩的会谈达成了协议：新吉恩军将于3月12日解除武装，向联邦投降。联 邦官员们为此洋洋得意，他们做梦也没想到，这只不过是夏亚进攻地球计划 中的一环。

经历多年动荡的生涯的夏亚，对地球联邦已彻底不抱希望。因此，这次 复出的目的，便是将无视众多宇宙移民生命和权益的地球联邦政府，以及全 部地球居民彻底消灭！而且，其手段之激烈程度，在人类史上也是空前的， 在他的计划中，攻击的方式不再是像以往那样落下殖民卫星，而要把小行星 阿克西斯推向地球，从而引起巨大的气候异常，使另一个冰河期降临在地球 上，基本灭绝地面的住民，以此达到净化人类的目的。

0093年3月12日，夏亚以降伏的姿态令联邦军放松警戒，乘机突然袭击夺回了阿克西斯，随后，开始将阿克西斯推向地球。幸而，以布莱德、阿姆罗为首的郎德·贝尔队早有准备，郎德·贝尔旗舰拉·剀拉姆号上精锐勇士们纷纷出动，与新吉恩军展开生死搏斗。 最后，在阿姆罗等人的努力下，夏亚的计划落空了。

编者按：随着阿克西斯战争的结束，阿姆罗与夏亚的争斗也终于划上了句号，按一般的分类方法，高达系列的第一个时期亦在这时结束了。 不过，在许多漫画及小说版的外传中，属于这个时代的人物和团体仍在演出着惊心动魄波澜万丈的历史故事。比如漫画“机动战士高达·MOO-NCRISIS（月球危机）”便是描绘009年，激进派军事组织新奥古与新吉恩共同军以月面2亿住民的生命作为要挟的筹码，企图颠覆联邦政府终被阻止的经过。此外有一部小说，内容主要是讲第二次新吉恩之乱近百年后，有人用夏亚的DNA制造出一位复制夏亚，经种种磨难成为一代革命家的历程。另外，小说版“逆袭的夏亚”中，除了ν高达、利·卡兹之外，还有一些剧场版动画中没有的机体，如“Hi-ν高达”登场。